Ο Ιωάννης Καποδίστριας (Κέρκυρα, 10 Φεβρουαρίου 1776 – Ναύπλιο, 27 Σεπτεμβρίου 1831) ήταν Έλληνας διπλωμάτης, πολιτικός, ιατρός και είχε τον τίτλο ευγενείας του κόμη. Διετέλεσε υπουργός εξωτερικών της Ρωσικής Αυτοκρατορίας και αργότερα ως πρώτος κυβερνήτης του νέου ελληνικού κράτους τη μεταβατική περίοδο κατά την οποία η χώρα τελούσε υπό την προστασία των Μεγάλων Δυνάμεων.
Ο Ιωάννης Καποδίστριας έλαβε τις βασικές εγκύκλιες σπουδές στην Κέρκυρα κι έπειτα σπούδασε Ιατρική και Φιλοσοφία στην Πάντοβα. Επέστρεψε το 1797 στην Κέρκυρα και άσκησε το επάγγελμα του ιατρού. Σύντομα αναμείχθηκε στην πολιτική όταν το 1801 σαν εντολοδόχος της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας έπρεπε να εφαρμόσει το νέο σύνταγμα της Επτανήσου Πολιτείας στην Κεφαλονιά. Σε αναγνώριση των υπηρεσιών και των ικανοτήτων του το 1802 διορίστηκε Γραμματέας της Επτανήσου Πολιτείας. Όταν ο Αλή πασάς απείλησε με επίθεση τη Λευκάδα στάλθηκε εκεί τον Ιούνιο του 1807 ώστε να συντονίσει τις στρατιωτικές επιχειρήσεις και να προετοιμάσει την άμυνα του νησιού. Με την παραχώρηση των Επτανήσων από τον τσάρο Αλέξανδρο Α’ της Ρωσίας στους Γάλλους του Ναπολέοντα Α’ το καλοκαίρι του 1807, αποσύρθηκε και το 1809 έφτασε στην Πετρούπολη οπού εντάχθηκε στη ρωσική διπλωματική υπηρεσία. Στη ρωσική πρωτεύουσα γνώρισε τη Ρωξάνδρα Στούρτζα, τη μόνη γυναίκα που τον συγκίνησε. Το 1811 έγινε ακόλουθος στη ρωσική πρεσβεία της Βιέννης και το καλοκαίρι του 1812 διορίστηκε επικεφαλής του διπλωματικού γραφείου του αρχιστράτηγου των ρωσικών δυνάμεων στη στρατιά του Δούναβη, όπου παρέμεινε σε όλη την διάρκεια της γαλλικής εισβολής του Ναπολέοντα. Όταν ο πόλεμος Ρωσίας-Γαλλίας μεταφέρθηκε στην κεντρική Ευρώπη, ο Καποδίστριας υπηρέτησε ως επικεφαλής της πολιτικής-διπλωματικής Γραμματείας του αρχιστράτηγου Μπάρκλεϊ ντε Τόλλυ. Ο τσάρος εκτιμώντας τις ικανότητες του Καποδίστρια τον έστειλε στην Ελβετία, οπού πρωταγωνίστησε στις διαπραγματεύσεις για την ουδετερότητα, ενότητα και ανεξαρτησία των Ελβετών. Κεντρικός ήταν ο ρόλος στο Συνέδριο της Βιέννης, κατά τη διάρκεια του οποίου ίδρυσε τη Φιλόμουσο Εταιρεία. Στις 11 Σεπτεμβρίου 1815 ο τσάρος τον διόρισε Γραμματέα του Κράτους για τις εξωτερικές υποθέσεις και ήταν ο Καποδίστριας εκείνος που υπέγραψε τη Συνθήκη των Παρισίων για λογαριασμό της Ρωσίας το Νοέμβριο του 1815. Από τις αρχές του 1816 ζει κι εργάζεται στο Υπουργείο Εξωτερικών στην Πετρούπολη και μοιράζεται τις υποθέσεις με τον Νέσελροντ. Γρήγορα ο Καποδίστριας κέρδισε τη φήμη του έξυπνου και πεφωτισμένου ευπατρίδη, προστάτη των τεχνών και των επιστημών κι έχαιρε μεγάλου σεβασμού στους λογοτεχνικούς κύκλους. Στις αρχές του 1817 ο Νικόλαος Γαλάτης τον πληροφόρησε για τα επαναστατικά σχέδια της Φιλικής Εταιρείας. Το 1819 επισκέφθηκε την Κέρκυρα και μετέβει σε Λονδίνο και Παρίσι για να διαμαρτυρηθεί για την καταπιεστική πολιτική του αρμοστή Μαίτλαντ. Όταν το 1820 τον συνάντησε ο Εμμανουήλ Ξάνθος για να του πείσει να αναλάβει την ηγεσία της Φιλικής Εταιρείας και να τεθεί επικεφαλής της προσπάθειας των Ελλήνων στην προετοιμασία της εξέγερσής τους ο Καποδίστριας αρνήθηκε.
Με την έναρξη της Ελληνικής Επανάστασης του 1821 προσπάθησε να επιτύχει στρατιωτική εμπλοκή Ρωσίας και Πύλης, χωρίς όμως αποτέλεσμα. Αποτυγχάνοντας να μετατρέψει την πολιτική του Τσάρου υπέρ των Ελλήνων, αναχώρησε με άδεια από τη ρωσική διπλωματική υπηρεσία για τη Γενεύη, όπου διέμεινε από το 1822 έως το 1827.
Στις 14 Απριλίου 1827 η Γ’ Εθνοσυνέλευση της Τροιζήνας τον εξέλεξε με 7ετή θητεία πρώτο κυβερνήτη της Ελλάδας, θέση από την οποία ήρθε σε προστριβές με τους τοπικούς αξιωματούχους με αποτέλεσμα τη δολοφονία του στις 27 Σεπτεμβρίου 1831, στο Ναύπλιο, από τους Κωνσταντίνο και Γεώργιο Μαυρομιχάλη, που ήταν συγγενείς του Πετρόμπεη Μαυρομιχάλη, σε αντίποινα της φυλάκισης του τελευταίου. Η σορός του κυβερνήτη μεταφέρθηκε τον Απρίλιο του 1832 στην Κέρκυρα από τον αδελφό του Αυγουστίνο κι ενταφιάστηκε στην Ι.Μ. Πλατυτέρας δίπλα από τον τάφο του πατέρα του, Αντωνίου Μαρία Καποδίστρια.
Ως κυβερνήτης ανακήρυξε την ίδρυση της Ελληνικής Πολιτείας και προώθησε σημαντικές μεταρρυθμίσεις για την αναδιοργάνωση της κρατικής μηχανής, καθώς και για τη θέσπιση του νομικού πλαισίου της νέας πολιτείας. Επίσης, αναδιοργάνωσε τις ένοπλες δυνάμεις σε τακτικά σώματα υπό ενιαία διοίκηση. Προσπάθησε και πέτυχε παράλληλα την επέκταση των συνόρων του νέου κράτους και την κατοχύρωση της ελληνικής ανεξαρτησίας.
Νεανικά χρόνια
Γεννήθηκε στις 10 Φεβρουαρίου 1776 στη βενετοκρατούμενη Κέρκυρα και ήταν το 6ο παιδί του Αντωνίου Μαρία Καποδίστρια, δικηγόρου με ηγετική παρουσία ανάμεσα στις αρχοντικές οικογένειες του Νησιού. Ο οίκος των Καποδίστρια ήταν παλιά Κερκυραϊκή οικογένεια και πιθανόν καταγόταν από το ακρωτήριο (ιταλ. κάπο) της χερσονήσου Ίστρια της Αδριατικής (Capo d’Istria). Από το 1477 και ως το τέλος της βενετοκρατίας, η οικογένεια αναφέρεται ότι λάμβανε μέρος στο Γενικό Συμβούλιο και στο Συμβούλιο των 150 και κατέλαβε αξιόλογα κι επικερδή αξιώματα. Η οικογένεια χωρίστηκε σε 3 κλάδους τον 17ο αιώνα και από έναν από αυτούς, το σπουδαιότερο, των Καποδίστρια delle Mura (των Μουράγιων) καταγόταν ο Ιωάννης. Ο δισέγγονος του Ιερώνυμου (αρχηγέτης των delle Mura), Αντώνιος (προππάπους του Ιωάννη) είχε το δικαίωμα να φέρει τον τίτλο του κόμη που του είχε απονείμει ο Κάρολος Εμμανουήλ Β΄, δούκας της Σαβοΐας το 1689. Ο τίτλος αναγνωρίστηκε εκ νέου από τη Δημοκρατία της Βενετίας με απόφαση του Δόγη Λουδοβίκου Μανίν την 1η Ιουνίου 1796. Η οικογένεια της μητέρας του Ιωάννη, η Γονέμη, είχε καταγωγή από την Κύπρο και ήταν γραμμένη στη Χρυσή Βίβλο από το 1606.
Φοίτησε στη Μονή της Αγίας Ιουστίνης της Γαρίτσας, όπου έμαθε Λατινικά, Ιταλικά και Γαλλικά κι εν συνεχεία, το φθινόπωρο του 1794, εγκαταστάθηκε στη Βενετία για να τελειοποιήσει τα λατινικά του. Το 1795 εγγράφηκε Πανεπιστημίου της Πάδοβα όπου σπούδασε ιατρική και φιλοσοφία. Παράλληλα παρακολούθησε σαν ακροατής μαθήματα νομικής επιστήμης. Κάνοντας χρήση ενός δικαιώματος, με το οποίο οι σπουδαστές μπορούσαν μετά από 2 χρόνια φοίτησης να λάβουν το δίπλωμά τους, αφού εξετάζονταν πρώτα από μια επιτροπή καθηγητών, αποφοίτησε τον Ιούνιο του 1797. Με την επιστροφή του στην Κέρκυρα, ιδιώτευσε ως ιατρός, προσφέροντας τις υπηρεσίες του, συχνά δωρεάν, στους φτωχότερους συμπολίτες του. Στις 12 Απριλίου 1799 διορίστηκε από τον τούρκο ναύαρχο Καντίρ διευθυντής του νοσοκομείου στην Κέρκυρα.
Ιόνιος Πολιτεία
Ύστερα από την υπογραφή συνθήκης μεταξύ της Ρωσίας και της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, όπου αναγνωρίστηκε ως ελεύθερο και αυτόνομο κράτος η Επτάνησος Πολιτεία, υπό την επικυριαρχία όμως της Πύλης, ο Ιωάννης τον Απρίλιο του 1801 κλήθηκε να αντικαταστήσει τον πατέρα του, Αντώνιο Μαρία Καποδίστρια, στην αποστολή που είχε αναλάβει μαζί με το Νικόλαο Σιγούρο ως εντολοδόχοι του σουλτάνου για την επιβολή του νέου συντάγματος και την αποκατάσταση της τάξης στην Κεφαλονιά. Στις 27 Απριλίου 1801 αποβιβάστηκε μαζί με το Σιγούρο στην Κεφαλονιά και, αφού έπαυσαν τις τοπικές αρχές, ανέλαβαν οι ίδιοι προσωπικά τη διοίκηση του νησιού. Σύντομα ο Καποδίστριας παραμέρισε το Σιγούρο και αποφάσιζε μόνος του για τις ενέργειες που χρειάζονταν. Στα μέσα Σεπτεμβρίου, και αφού, όπως πίστευαν, είχαν εκπληρώσει την αποστολή τους, επέστρεψαν στην Κέρκυρα. Τον Ιούνιο του 1802 συμμετείχε στην ίδρυση του Εθνικού Ιατρικού Συλλόγου, του οποίου διετέλεσε γραμματέας, ενώ τον Οκτώβριο του ίδιου έτους κλήθηκε να μεταβεί, για άλλη μια φορά, στην Κεφαλονιά, προκειμένου να αποκαταστήσει την ομαλότητα. Μετά από την επιτυχημένη αποστολή του, ο πληρεξούσιος της Ρωσίας στα Επτάνησα, κόμης Γεώργιος Μοτσενίγος, εκτιμώντας τις ικανότητές του, τον διόρισε, το 1803, στη σημαντική θέση του Γραμματέα του Κράτους. Στις 24 Νοεμβρίου εκφώνησε εκ μέρους της Γερουσίας τον επικήδειο του Σπυρίδωνος Γεωργίου Θεοτόκη, προέδρου της Επτανησιακής Γερουσίας. Το Μάρτιο του 1804 τιμήθηκε με το βαθμό του κρατικού συμβούλου 6ου βαθμού από τον τσάρο Αλέξανδρο Α’. Κατά τη διάρκεια της θητείας του συμμετείχε σε όλες τις συντακτικές επιτροπές για την κατάρτιση συντάγματος στα Επτάνησα. Το Μάιο του 1806 έληξε η θητεία του ως γραμματέα του κράτους.
Στις εκλογές του 1806 ο Καποδίστριας εξελέγη 8ος σε ψήφους στην Κέρκυρα. Ορίστηκε από το Μοτσενίγο γραμματέας και εισηγητής της επιτροπής που θα συνέτασσε το σχέδιο του νέου συντάγματος. Από τη θέση αυτή ήρθε σε διαφωνία με το Ρώσο πληρεξούσιο, καθώς οι αλλαγές που πρότεινε ο πρώτος ήταν κατά πολύ πιο φιλελεύθερες και αντίθετες με τη βούληση της τσαρικής αυλής. Ο Ρώσος πληρεξούσιος, ύστερα από υπόδειξη του Τσάρου, ανέτρεψε το Σύνταγμα του 1803 και προώθησε το 5ο κατά σειρά σύνταγμα, το οποίο αντανακλούσε τον συντηρητισμό της τσαρικής αυλής. Παρά την αντίθεσή του ο Καποδίστριας εισηγήθηκε την κατάργηση του Συντάγματος του 1803. Το ίδιο διάστημα έφερε στην γερουσία προς ψήφιση σειρά διαταγμάτων που αφορούσαν εκπαιδευτικά ζητήματα, καθώς ήταν πεπεισμένος ότι η πρόοδος στα Επτάνησα θα γίνονταν μόνο με την ανάπτυξη της εκπαίδευσης.
Στις 2 Ιουνίου 1807 η Γερουσία τον διόρισε έκτακτο επίτροπο και συντονιστή των στρατιωτικών επιχειρήσεων στην Αγία Μαύρα (Λευκάδα) με σκοπό την άμυνα του νησιού από τους Οθωμανούς και τον Αλή Πασά. Στο νησί είχαν καταφύγει χιλιάδες Χριστιανοί από την Ηπειρωτική Ελλάδα μεταξύ των οποίων κι εκατοντάδες οικογένειες Σουλιωτών. Ο Καποδίστριας συντόνισε τα διαθέσιμα στρατεύματα και οργάνωσε αμυντικές γραμμές επιδεικνύοντας σημαντικές οργανωτικές ικανότητες. Παράλληλα αποκόμισε σημαντικές εμπειρίες ερχόμενος σε επαφή με τους οπλαρχηγούς και τους οπλαρχηγούς της ηπειρωτικής Ελλάδας. Όμως, η συνθήκη του Τιλσίτ, που συνομολογήθηκε μεταξύ Ρώσων και Γάλλων, επανέφερε τα νησιά του Ιονίου σε γαλλική κυριαρχία, με αποτέλεσμα ο Καποδίστριας να ανακληθεί πίσω στην Κέρκυρα. Αν και ο τοποτηρητής του Ναπολέοντα στα Επτάνησα Γάλλος στρατηγός Σεζάρ Μπερτιέ τον πίεζε να ενταχθεί σε γαλλική υπηρεσία, ο Καποδίστριας αρνήθηκε προσμένοντας κάποια καλύτερη πρόταση από τη Ρωσία, με τους αξιωματούχους της οποίας διατηρούσε άριστες σχέσεις.
Διπλωματική σταδιοδρομία
Η πρόταση που περίμενε από τη Ρωσία ήρθε το Μάιο του 1808, όταν ο κόμης Νικόλαος Πέτροβιτς Ρουμιάντσεφ, επικεφαλής του Υπουργείου Εξωτερικών της Ρωσικής Αυτοκρατορίας, του έστειλε επιστολή με την οποία, αφού του ανακοίνωνε ότι τιμήθηκε με τον τίτλο του ιππότη Β’ Τάξεως του τάγματος της Αγίας Άννας, τον προσκαλούσε στην Αγία Πετρούπολη, όπου έφτασε στις 29 Ιανουαρίου του επόμενου έτους. Τελικώς στις 20 Απριλίου διορίστηκε κρατικός σύμβουλος 5ου βαθμού των Υπουργείο Εξωτερικών της Ρωσίας, χωρίς κάποια συγκεκριμένη θέση. Περιστασιακά συνέτασε υπομνήματα για ζητήματα της ανατολικής πολιτικής της Ρωσίας, για τη Μεσόγειο και τα Βαλκάνια. Όμως η αδράνεια και οι οικονομικές δυσκολίες επηρέασαν την υγεία του. Αφού παρέμεινε για περισσότερο από 2 χρόνια στην Αγία Πετρούπολη, διορίστηκε στις 20 Αυγούστου 1811 ακόλουθος στην πρεσβεία της Βιέννης, θέση στην οποία παρέμεινε μέχρι το Μάιο του 1812. Επόμενος σταθμός στην πορεία του ήταν το Βουκουρέστι, όπου διορίστηκε ως αξιωματούχος με πολιτικά καθήκοντα στη στρατιά του Δούναβη. Εκεί έγινε αρχηγός και διευθυντής της Γραμματείας του διπλωματικού τμήματος του ναύαρχου Τσιτσαγκώφ. Για τις υπηρεσίες του αυτές τιμήθηκε με το βαθμό του κρατικού συμβούλου εν ενεργεία. Την ίδια εποχή ο ναύαρχος Τσιτσαγκώφ αντικαταστάθηκε λόγω δυσμένειας από το στρατηγό Μπάρκλεϊ ντε Τόλυ (Barclay de Tolly) χωρίς όμως αυτό να επηρεάσει τον Καποδίστρια, στον οποίο απονεμήθηκε το παράσημο Γ’ Τάξεως του Αγίου Βλαδίμηρου. Λίγο καιρό αργότερα παρασημοφορήθηκε από τον τσάρο με τον Μεγαλόσταυρο της Αγίας Άννας.
Δράση στην Ελβετία
Η άνοδος του Καποδίστρια στη ρωσική αυτοκρατορική Αυλή επιβεβαιώθηκε με τον διορισμό του από τον τσάρο Αλέξανδρο Α’ ως μυστικού απεσταλμένου στην Ελβετία με σκοπό να προσεταιριστεί τη φιλικά προσκείμενη προς τη Γαλλία κυβέρνηση. Εκτός από τον Καποδίστρια, διορίστηκε και ο βαρόνος Λεμπτσέλτερν (Lebzeltern), εκ μέρους της αυστριακής πλευράς, καθώς η αποστολή ήταν κοινή. Παρ’ όλα αυτά οι σκοποί δεν ήταν ακριβώς ίδιοι, καθώς οι Ρώσοι ενδιαφέρονταν να εξασφαλίσουν την ουδετερότητα και την ανεξαρτησία της Ελβετίας, ενώ οι Αυστριακοί να εγκαθιδρύσουν φίλα προσκείμενη κυβέρνηση και να εξασφαλίσουν άδεια διέλευσης των αυστριακών στρατευμάτων από την ελβετική επικράτεια. Ο Λεμπτσέλτερν εργάστηκε μυστικά υπό τις οδηγίες του Κλέμενς φον Μέττερνιχ προκειμένου να επιτύχει τους σκοπούς του. Στις 20 Δεκεμβρίου 1813 κάλεσε τον Καποδίστρια και του ζήτησε να υπογράψει διακοίνωση, με την οποία τα συμμαχικά στρατεύματα θα επιτρεπόταν να εισέλθουν στην ελβετική επικράτεια μέχρι να εξασφαλίσουν τα εδάφη που η Γαλλία είχε αποσπάσει από την Ελβετία. Ο Καποδίστριας, αντιλαμβανόμενος ότι η διακοίνωση ήταν έργο της αυστριακής κυβέρνησης, αρνήθηκε να την υπογράψει, αλλά λίγο αργότερα άλλαξε γνώμη. Αφού την υπέγραψε εκ μέρους της ρωσικής πλευράς, αποχώρησε για τη Βάδη, όπου βρισκόταν το στρατηγείο του τσάρου. Ο τελευταίος περίμενε ότι ο Καποδίστριας δεν θα είχε υπογράψει τη διακοίνωση. Εξεπλάγη, όμως, όταν ο νεαρός διπλωμάτης του ανέφερε ότι έπραξε το αντίθετο. Σύμφωνα με τον Καποδίστρια, η ανακοίνωση της διακοίνωσης και η εισβολή του αυστριακού στρατού στην Ελβετία, θα είχαν ως αποτέλεσμα το διχασμό των κατοίκων και παράλληλα να παρουσιαστούν οι Αυστριακοί ως υποκινητές πραξικοπήματος. Συνέστησε μάλιστα στον Τσάρο να ζητήσει την αποκήρυξη της διακοίνωσης, μιας και οι Αυστριακοί δε θα μπορούσαν να επικαλεστούν την υπογραφή του μυστικού πράκτορά τους, πράγμα το οποίο κι έγινε.
Οι διπλωματικές εξελίξεις στη Ζυρίχη συνεχίζονταν χωρίς όμως κάποιο συγκεκριμένο αποτέλεσμα, αφού τα ομόσπονδα κράτη της Ελβετίας διαφωνούσαν μεταξύ τους. Ο τσάρος Αλέξανδρος διόρισε τον Καποδίστρια έκτακτο απεσταλμένο του και πληρεξούσιο υπουργό για την Ελβετία. Από τη θέση αυτή έφτιαξε το ελβετικό Σύνταγμα και συνεισέφερε με προσωπικά προσχέδια στο ελβετικό πολιτειακό σύστημα, το οποίο προέβλεπε αυτόνομα κρατίδια (καντόνια) ως μέλη της ελβετικής ομοσπονδίας. Συγκεκριμένα, απέστειλε υπόμνημα προς τον πρόεδρο της Δίαιτας (βουλής) με τα βασικά στοιχεία που θα έπρεπε να περιέχει το Σύνταγμα. Πράγματι, κατά το μεγαλύτερο μέρος του, το υπόμνημα ακολουθήθηκε. Η συμμετοχή της Γενεύης στο νέο αυτό κρατίδιο ήταν καθαρά δική του πρωτοβουλία. Ανέλαβε κι έφτιαξε ένα νέο ομοσπονδιακό πολιτειακό σύστημα, με ένα Σύνταγμα που ήταν το πιο δημοκρατικό που είχε φτιαχτεί στην Ευρώπη, το οποίο ένωσε επιτυχώς τα διάφορα καντόνια. Για την επιτυχή αποστολή στην Ελβετία ο τσάρος του απένειμε το σταυρό του Αγίου Βλαδιμήρου Β΄ τάξεως.
Συνέδριο της Βιέννης – Ιδρύεται η Φιλόμουσος Εταιρεία
Στη συνέχεια πήγε στο Παρίσι προκειμένου να συνομιλήσει με τον τσάρο για το θέμα των Επτανήσων, δίχως όμως να λάβει κάποια διαβεβαίωση. Στις αρχές Σεπτεμβρίου πραγματοποιήθηκε το Συνέδριο της Βιέννης, συνέδριο σταθμός για την ευρωπαϊκή ιστορία, στο οποίο συμμετείχε ως μέλος της ρωσικής αντιπροσωπείας. Στα τέλη του 1814 διορίστηκε αντιπρόσωπος της Ρωσίας στις επίσημες συνεδριάσεις της Επιτροπής των Πέντε, ενώ τιμήθηκε με το Μεγαλόσταυρο του Λεοπόλδου και το μεγάλο παράσημο του Ερυθρού Αετού από τον αυτοκράτορα της Αυστροουγγαρίας και το βασιλιά της Πρωσίας αντίστοιχα. Η παρουσία του Καποδίστρια στη Βιέννη πρέπει να θεωρείται καταλυτική, καθώς με τις συμβουλές του επηρέαζε αποφασιστικά τον τσάρο και αναδείχθηκε σε έναν από τους πρωταγωνιστές του συνεδρίου, συνδιαμορφωτής του συστήματος ισορροπίας ανάμεσα στις ευρωπαϊκές δυνάμεις. Κατά τον ιππότη φον Γκεντς, σύμβουλο του Μέττερνιχ, η τελική πράξη του συνεδρίου που υπογράφηκε το Μάιο του 1815 ήταν δημιούργημα του Καποδίστρια και του ιδίου.
Το 1815 ίδρυσε τη Φιλόμουσο Εταιρεία μαζί με το μητροπολίτη Ιγνάτιο, τον Άνθιμο Γαζή, τον Αλέξανδρο Στούρτζα κ.ά. Σκοπός της ήταν να βοηθήσει νεαρούς Έλληνες να σπουδάσουν. Με την είσοδο των συμμαχικών δυνάμεων στο Παρίσι μετά τη μάχη του Βατερλό, ο Καποδίστριας ανέλαβε την εκπροσώπηση της Ρωσίας στην ομώνυμη συνδιάσκεψη, όπου προσπάθησε να επιβάλει τις ρωσικές απόψεις, επιτυγχάνοντας την ακεραιότητα της Γαλλίας και την επιβολή συνταγματικής διακυβέρνησης στα Επτάνησα. Με δική του παρέμβαση πέτυχε η Ιόνιος Πολιτεία να αποκτήσει τα βασικά χαρακτηριστικά κράτους, δηλαδή σύνταγμα, ένοπλες δυνάμεις, εκλεγμένη κυβέρνηση και σημαία. Η συνθήκη της 5ης Νοεμβρίου 1815 αποτελεί μια από τις σημαντικότερες επιτυχίες στην προσωπική διαδρομή του Καποδίστρια, που όσον αφορά την αναγνώριση των Επτανήσων, ο ίδιος την χαρακτήρισε ως «θαύμα».
Υπουργός Εξωτερικών της Ρωσίας
Μετά τη συνδιάσκεψη των Παρισίων, ο τσάρος διόρισε τον Καποδίστρια γραμματέα επί των Εξωτερικών Υποθέσεων. Ήδη από το 1814 ο τσάρος Αλέξανδρος είχε αποφασίσει να αφήσει κενή τη θέση του υπουργού Εξωτερικών και να χειριστεί μόνος του την εξωτερική πολιτική, διορίζοντας όμως ως γραμματέα του επί των Εξωτερικών Υποθέσεων τον Νέσελροντ. Τον επόμενο χρόνο (1815) διόρισε και 2ο γραμματέα, αυτή τη φορά τον Καποδίστρια. Αυτός εξήγησε στον τσάρο ότι αυτή η θέση θα τον έφερνε σε δύσκολη θέση, καθώς οι συμπατριώτες του Επτανήσιοι και οι άλλοι Έλληνες θα περίμεναν μεγάλη βοήθεια από αυτόν (τον Καποδίστρια), κάτι που πιθανά θα δημιουργούσε δυσπιστία στην Αγγλία και τις άλλες δυνάμεις, ενώ ταυτόχρονα ο ίδιος δεν μπορούσε να αποξενωθεί από την ιδιαίτερη πατρίδα του. Ο τσάρος επέμενε στην άποψή του, λέγοντας ότι αυτό θα ήταν ωφέλιμο και για τους Έλληνες και υπέγραψε το διάταγμα που τον διόριζε Γραμματέα του Κράτους για τις εξωτερικές υποθέσεις. Ο Νέσελροντ είχε χάσει την αυτοκρατορική εύνοια από καιρό, οπότε ουσιαστικός διαχειριστής των εξωτερικών υποθέσεων ήταν ο Καποδίστριας, ο οποίος συμβούλευε τον τσάρο για όλα τα θέματα. Ως γραμματέας πλέον επί των εξωτερικών, ο Καποδίστριας συμμετείχε στο συνέδριο του Άαχεν και στη διάσκεψη του Κάρλσμπαντ. Μετά το τέλος των διπλωματικών του υποχρεώσεων ζήτησε και έλαβε άδεια για να ταξιδέψει στην πατρίδα του, την Κέρκυρα. Μετά από παραμονή 2 μηνών αναχώρησε για την Ιταλία και στη συνέχεια για το Λονδίνο, όπου έτυχε ψυχρής υποδοχής. Στις συζητήσεις του με τους Άγγλους αξιωματούχους σχετικά με το ζήτημα των Ιονίων Νήσων δε βρήκε ανταπόκριση με αποτέλεσμα να αποχωρήσει άπρακτος για την Αγία Πετρούπολη.
Η έναρξη της Ελληνικής Επανάστασης και η διαφωνία με τον Τσάρο
Το 1820 και 1821 συμμετείχε στα συνέδρια του Τροππάου και του Λάιμπαχ. Στα 2 αυτά συνέδρια ο τσάρος Αλέξανδρος, επηρεασμένος από τον Μέτερνιχ, ακολούθησε την πολιτική της Αυστρίας παραμερίζοντας σε μεγάλο βαθμό τον Καποδίστρια. Στο συνέδριο του Λάιμπαχ ήρθε η είδηση για την εξέγερση του Αλέξανδρου Υψηλάντη και την επανάσταση στη Μολδοβλαχία. Ο Υψηλάντης μάλιστα απέστειλε επιστολή στον τσάρο ζητώντας τη βοήθειά του. Η απάντηση του τσάρου ήταν η επίσημη καταδίκη της Επανάστασης, η απόταξη του Αλ. Υψηλάντη και η άδεια εισόδου του οθωμανικού στρατού στις Ηγεμονίες, μέτρα που στον Υψηλάντη ειδικά ανακοινώθηκαν με επιστολή γραμμένη και υπογεγραμμένη από τον Καποδίστρια. Παρ’ όλα αυτά, ο Καποδίστριας μυστικά πίεζε τον τσάρο να ταχθεί υπέρ των Ελλήνων. Στο δε συνέδριο έδωσε πραγματική μάχη για να μην αποσταλεί βοήθεια προς την Οθωμανική Αυτοκρατορία και οι ξένες δυνάμεις να κρατήσουν αυστηρή ουδετερότητα. Σε αυτό το πλαίσιο κινήσεων εξηγείται και το τελεσίγραφο που επέδωσε ο Ρώσος πρεσβευτής στην Κωνσταντινούπολη στο σουλτάνο ύστερα από τον απαγχονισμό του Πατριάρχη Γρηγορίου Ε΄ και τις σφαγές των Ελλήνων. Η διαφωνία μεταξύ τσάρου και Καποδίστρια δεν άργησε να εκδηλωθεί. Ο δεύτερος υποστήριζε την ανάληψη μονομερούς ενέργειας κατά της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, ενώ ο πρώτος ενδιαφερόταν μόνο για τη στάση του Λονδίνου. Από τα τέλη του 1821 ο Καποδίστριας είχε χάσει την αυτοκρατορική εύνοια και στις αρχές του 1822 ο τσάρος αποφάσισε να αφαιρέσει τη διαχείριση του ανατολικού ζητήματος από τον Καποδίστρια. Το Φεβρουάριο του 1822 ο Τσάρος απέστειλε στη Βιέννη, εν αγνοία του Καποδίστρια, τον Τατίτσεφ με εντολές να εξουσιοδοτήσει τον Μέτερνιχ να διαπραγματευθεί για λογαριασμό της Ρωσίας με την Υψηλή Πύλη. Λίγες μέρες πριν ο Αυστριακός πρεσβευτής είχε παραπονεθεί στον τσάρο ότι ο Καποδίστριας επίτηδες συκοφαντούσε τον Αυτοκράτορα της Αυστρίας στον τσάρο προκειμένου να επιτύχει τους σκοπούς του σχετικά με το ανατολικό ζήτημα.
Ο παραγκωνισμός του στην αυλή από τον Νέσελροντ και η συνεχής διαφωνία του με τον τσάρο τον ανάγκασαν να ζητήσει ιδιαίτερη ακρόαση από τον τελευταίο. Σε αυτή του ανακοίνωσε τη διαφωνία του σχετικά με τη νέα εξωτερική πολιτική. Απότοκος της συζήτησης αυτής ήταν η παραχώρηση άδειας για λόγους υγείας στον Καποδίστρια. Ο τσάρος απέφυγε να τον απομακρύνει από τη θέση του υπουργού εξωτερικών για να μη γίνει γνωστή η διαφωνία τους. Στις 19 Αυγούστου 1822 αναχώρησε από την Αγία Πετρούπολη, αφού πρώτα παραιτήθηκε από τη ρωσική κυβέρνηση και λίγους μήνες αργότερα εγκαταστάθηκε στη Γενεύη, όπου έχαιρε ιδιαίτερης εκτίμησης, προκειμένου να βοηθήσει την Ελληνική Επανάσταση. Εκεί συναναστρεφόταν με το γνωστό τραπεζίτη Ιωάννη-Γαβριήλ Εϋνάρδο κι έκανε τα πάντα για την επαναστατημένη Ελλάδα ενισχύοντας το φιλελληνισμό. Παράλληλα, πραγματοποιούσε επαφές με διακεκριμένες προσωπικότητες, όπως το Στράτφορντ Κάνινγκ (Stratford Canning), ξάδελφο του πρωθυπουργού της Μεγάλης Βρετανίας και πρεσβευτή της στην Κωνσταντινούπολη Γεώργιου Κάνινγκ κ.ά.
Ο Καποδίστριας και η Επανάσταση
Ο Καποδίστριας ανήκε, τουλάχιστον τυπικά κι επισήμως, σ’ εκείνους που πίστευαν ότι δεν είχε έρθει ακόμη η ώρα, δεν είχαν ωριμάσει δηλαδή οι συνθήκες, για την απελευθέρωση των Ελλήνων. Όπως αφηγείται ο ίδιος, το 1818, οι Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος και Πανταζόγλου «προσεπάθησαν να μοι αποδείξουν ότι η διατήρησις της μετά των Τούρκων ειρήνης ήτο αδύνατος, και ότι, ως Έλληνες, ήσαν ανυπόμονοι να μάθουν ότι τα ρωσικά στρατεύματα ήσαν έτοιμα να διαβούν τον Προύθον». Η απάντησή του ήταν ότι από την ημέρα της ελευθερίας «η κοινή ημών πατρίς ευρίσκεται ακόμη μακράν». Η άρνησή του προς το Νικόλαο Γαλάτη ν’ αναλάβει την αρχή της Φιλικής Εταιρείας μπορεί ν’ αποδοθεί στο ότι το άτομο εκείνο δεν του ενέπνευσε καμία εμπιστοσύνη και στο υπόμνημά του ο ίδιος χαρακτηρίζει το Γαλάτη «τυχοδιώκτη». Αλλά και προς τον Εμμανουήλ Ξάνθο η ίδια άρνηση και τα ίδια περίπου λόγια: ν’ αποτραπούν «διά παντός τρόπου οι Έλληνες από των ολεθρίων τούτων βουλευμάτων». Προσπάθησε τέλος να συγκρατήσει τον Αλέξανδρο Υψηλάντη, λέγοντάς του τη γνώμη του για τους εταιριστές: «ωθούν την Ελλάδα προς τον όλεθρον … ελεεινοί … αφαιρούντες νυν το χρήμα των αφελών ψυχών…προφυλαχθήτε από τοιούτους άνδρας». Και όταν ο Υψηλάντης προχώρησε στην κήρυξη της Επανάστασης, ο Καποδίστριας τον κατηγόρησε ότι με τις «ανόητες προκηρύξεις του» ενίσχυε τις κατηγορίες περί ιακωβινισμού που εκτοξεύονταν από Μέτερνιχ και άλλους. Βέβαια, όταν πια δεν υπήρχε δρόμος επιστροφής, «ηγωνίσθη εκ παντός τρόπου να πείση τον αυτοκράτορα [Αλέξανδρο] εις άμεσον πολεμικήν παρέμβασιν».
Κυβερνήτης της Ελλάδας: Ελληνική Πολιτεία 1828–1832
Την ιδέα να κληθεί ο Καποδίστριας ως κυβερνήτης της Ελλάδας την είχε διατυπώσει πρώτος ο Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος στην από 27-10-1821 επιστολή του προς το Δημήτριο Υψηλάντη. Ο Υψηλάντης επίσης υπέγραψε πρόσκληση του Καποδίστρια το 1822 και ο Πετρόμπεης το 1824. Τελικά, στις 30 Μαρτίου 1827, στη Γ΄ Εθνοσυνέλευση της Τροιζήνας, εκλέχθηκε Κυβερνήτης της Ελλάδας με θητεία 7 ετών. Σύμφωνα με τις αποφάσεις της Συνέλευσης, ο Κυβερνήτης θα δεσμευόταν από το Σύνταγμα της Επιδαύρου, έτσι όπως θα αναθεωρείτο από τη Συνέλευση. Σημαντικό ρόλο στην κλήση του Καποδίστρια στην Ελλάδα διαδραμάτισε και ο Θεόδωρος Κολοκοτρώνης (υποστηρικτής του Ρωσικού κόμματος τότε), αν και αρχικά ήταν κατά της εκλογής του. Άλλαξε όμως γνώμη στη συνέχεια και ήταν αυτός που υφήρπασε την έγκριση του Άγγλου μοιράρχου Χάμιλτον, που είχε και τη σύμφωνη γνώμη του Στράτφορντ Κάνινγκ. Παρά ταύτα η εκλογή του θεωρήθηκε ως ήττα της αγγλικής εξωτερικής πολιτικής και νίκη της Ρωσίας. Και είναι γεγονός ότι μεταξύ Καποδίστρια και Αγγλίας υπήρχε αμοιβαία δυσπιστία.
Πριν δεχθεί την πρόταση που του έγινε, επισκέφθηκε την Αγία Πετρούπολη προκειμένου να αποδεσμευθεί επισήμως από την υπηρεσία του Τσάρου. Στη συνέχεια κατευθύνθηκε προς το Λονδίνο, όπου έφτασε σε ατυχή συγκυρία, δεδομένου ότι την επομένη της άφιξής του κηδευόταν ο Τζωρτζ Κάνινγκ. Η υποδοχή που του έγινε εκεί ήταν τουλάχιστον ψυχρή. Ύστερα από σύντομη παραμονή στο Παρίσι, όπου έγινε θερμά δεκτός, αναχώρησε για την Αγκώνα, όπου έφτασε στις 8 Νοεμβρίου. Εκεί θα τον παρελάμβανε αγγλικό πλοίο να τον μεταφέρει στην Ελλάδα. Παρέμεινε όμως εκεί για 49 μέρες και κατόπιν το πλοίο που τον παρέλαβε στις 26 Δεκεμβρίου, η κορβέτα Wolf του βρετανικού ναυτικού, στην οποία επιβιβάστηκε μαζί με τη συνοδεία του (γραμματείς Μπιτό και Μπετάν, Σταμάτης Βούλγαρης, Ιωάννης Δόμπολης κι ένας υπηρέτης ονόματι Μπρούνο) έπλευσε προς την Κέρκυρα, όπου μετά από συνεννόηση με τους Άγγλους, ο Καποδίστριας θα πήγαινε να προσκυνήσει τους τάφους των προγόνων του. Στα ανοικτά της Κέρκυρας, ωστόσο, κατά παράβαση της συμφωνίας, ο Καποδίστριας υποχρεώθηκε να μεταφερθεί στο αγγλικό πολεμικό πλοίο Warspite 74, το οποίο τον μετέφερε στη Μάλτα, όπου συναντήθηκε με το ναύαρχο Κόδριγκτον για να τον ενημερώσει για τις διαθέσεις της πολιτικής της Αγγλίας, που στο μεταξύ, μετά το θάνατο του Κάνιγκ, είχε μετατοπιστεί σε λιγότερο φιλελληνικές θέσεις. Ο Κόδριγκτον του είπε χαρακτηριστικά πως ενδιαφέρεται μόνο για τα συμφέροντα της χώρας του.
Ο Καποδίστριας απέπλευσε επιτέλους από τη Μάλτα για την Ελλάδα στις 14 Ιανουαρίου, με το προαναφερθέν βρετανικό πολεμικό πλοίο, με συνοδεία 2 ακόμη πολεμικών πλοίων, ενός γαλλικού κι ενός ρωσικού. Αυτή η ιδιότυπη συμπεριφορά (πολιτικό καθαρτήριο) των Άγγλων απέναντι στον κυβερνήτη της Ελλάδας σκοπό είχε να καταστήσει σαφές ότι η Αγγλία δεν θα δεχόταν καμία προσπάθεια του Καποδίστρια για επέκταση των συνόρων του νεοπαγούς κράτους και θα έπρεπε να αρκεστεί σε αυτά που καθόριζε η Συνθήκη της 6ης Ιουλίου, δηλαδή αυτονομία και όχι ανεξαρτησία και σύνορα που καθόριζε η γραμμή Αχελώου-Μαλιακού, καθώς και να αποστασιοποιηθεί («αποστειρωθεί») από την εξωτερική πολιτική της Ρωσίας ως πρώην υπουργός εξωτερικών αυτής.
Στις 18 Ιανουαρίου 1828, 10 μήνες μετά από την απόφαση της Γ’ Εθνοσυνέλευσης της Τροιζήνας, έφτασε στο Ναύπλιο, όπου έτυχε ενθουσιώδους υποδοχής και 4 μέρες αργότερα στην Αίγινα, πρώτη πρωτεύουσα του ελληνικού κράτους. Σύμφωνα με τον Κασομούλη “ενύκτωσε, και η νυξ της 18ης Ιανουαρίου στο Ναύπλιο απέρασεν με ευφροσύνη όλου του λαού και μελαγχολίαν μόνον μερικών προκρίτων αριστοκρατών”.
Αποφασίστηκε το Ναύπλιο να ξαναγίνει πρωτεύουσα του ελληνικού κράτους κι έδρα της κυβέρνησης. Τη στιγμή της άφιξής του σχεδόν όλη η Πελοπόννησος και η Στερεά Ελλάδα είχε ξαναπέσει στα χέρια των Οθωμανών και των Αιγυπτίων, ενώ μεταξύ των Ελλήνων συνεχίζονταν οι εμφύλιες διαμάχες (π.χ. μεταξύ των 2 φρουράρχων του Ναυπλίου Φωτομάρα και Γρίβα).
Εσωτερική πολιτική
Στο εσωτερικό της χώρας, με τον ερχομό του, ο Καποδίστριας είχε να αντιμετωπίσει τα εχθρικά στρατεύματα, την πειρατεία, τους ανύπαρκτους θεσμούς, τη διάλυση του στρατού, τις εμφύλιες διαμάχες, καθώς και την κακή οικονομική κατάσταση της χώρας. Μια από τις βασικές προϋποθέσεις που έθεσε για να αναλάβει την ηγεσία του νεοσύστατου ελληνικού κράτους, καθώς ο ίδιος υπήρξε θιασώτης του δόγματος της πεφωτισμένης δεσποτείας, ήταν η αναστολή του Συντάγματος και η διάλυση της Βουλής, όροι που τελικώς έγιναν αποδεκτοί. Στη θέση της Βουλής δημιούργησε το «Πανελλήνιον», γνωμοδοτικό όργανο αποτελούμενο από 27 μέλη με συμβουλευτικό χαρακτήρα, σώμα Γερουσίας, ενώ τη διακυβέρνηση ανέλαβε η Κεντρική Γραμματεία, είδος υπουργικού συμβουλίου διοικούμενου από τον ίδιο. Επίσης, διαίρεσε τη χώρα -που πλέον ανακηρύχθηκε Ελληνική Πολιτεία- σε διοικητικές περιφέρειες, διορίζοντας σε αυτές επιτρόπους, ενώ αναβάθμισε την ισχύ των δημογεροντιών. Αρχικά είχε δεσμευθεί για τη διενέργεια εκλογών τον Απρίλιο του 1828, στη συνέχεια όμως προχώρησε στην αναβολή τους, λόγω της χαώδους κατάστασης που επικρατούσε στο εσωτερικό. Όταν αυτές διεξήχθησαν, διατυπώθηκαν βάσιμες κατηγορίες για νοθεία. Αν και κυβερνήτης, ο Καποδίστριας εξελέγη σε 36 περιφέρειες, γεγονός που προκάλεσε την οργή των συνεργατών του, ένας εκ των οποίων, ο Σπυρίδων Τρικούπης, παραιτήθηκε για το λόγο αυτό από πληρεξούσιος και αναχώρησε για την Ύδρα. Ιδιαίτερη μέριμνα επέδειξε και για τη δημιουργία δικαστηρίων θεσπίζοντας και κώδικα πολιτικής δικονομίας, υιοθετώντας προσωρινά τη βυζαντινή Εξάβιβλο του Αρμενόπουλου για τα πολιτικά δικαστήρια και τον γαλλικό εμπορικό κώδικα για τα εμπορικά.
Μία από τις πρώτες του κινήσεις ήταν η καταστολή της πειρατείας, έργο το οποίο ανέλαβε με επιτυχία ο Ανδρέας Μιαούλης. Παράλληλα, προχώρησε στην αναδιοργάνωση των Ενόπλων Δυνάμεων, μετατρέποντας βαθμιαία τα άτακτα στρατεύματα σε τακτικό στρατό και υπάγοντας το στόλο στην ουσιαστική δικαιοδοσία της Κυβέρνησης, δεδομένου ότι μέχρι τότε τα πλοία ήταν ιδιοκτησία των καραβοκύρηδων. Με αυτόν τον τρόπο προσπάθησε να προστατέψει τα σύνορα και να μειώσει την επιρροή των μέχρι τότε τοπαρχών («μίαν ευχήν διαβιβάζουσί μοι αι επαρχίαι, την διά παντός απαλλαγήν αυτών από της τυραννίας των προυχόντων και των οπλαρχηγών»). Στην προσπάθεια αναδιοργάνωσης του στρατού περιλαμβάνεται και η ίδρυση της Στρατιωτικής Σχολής Ευελπίδων. Ίδρυσε Εθνικό Νομισματοκοπείο και καθιέρωσε το φοίνικα ως εθνικό νόμισμα, αντικαθιστώντας το τουρκικό γρόσι. Όσον αφορά στην εκπαίδευση, κατασκεύασε νέα σχολεία, εισήγαγε τη μέθοδο του αλληλοδιδακτικού σχολείου, ίδρυσε εκκλησιαστική σχολή στον Πόρο, καθώς και το Ορφανοτροφείο Αίγινας, σε μια προσπάθεια να οργανώσει το σχεδόν ανύπαρκτο εκπαιδευτικό σύστημα. Δεν ίδρυσε όμως πανεπιστήμιο, καθώς θεωρούσε ότι έπρεπε να υπάρξουν πρώτα απόφοιτοι μέσης εκπαίδευσης. Στο πρόβλημα της διανομής της εθνικής γης ο Καποδίστριας δεν πρόλαβε να βρει λύση, αν και κατά την Δ’ Εθνοσυνέλευση του Ελληνικού κράτους (1829) ψηφίστηκε η καταγραφή των νομίμως και ομοιομόρφως η έκταση των εθνικών γαιών και η κατάσταση όλων των άλλων εθνικών ιδιοκτησιών (Κτηματολόγιο) κι έτσι εκατομμύρια στρέμματα παρέμειναν στους μεγαλοϊδιοκτήτες (κοτζαμπάσηδες και Εκκλησία). Μερίμνησε επίσης για τον επανασχεδιασμό και την ανοικοδόμηση των κατεστραμμένων ελληνικών πόλεων, όπως το Ναύπλιο, το Άργος, το Μεσολόγγι και η Πάτρα, όπου έστειλε τον Κερκυραίο αρχιτέκτονα Σταμάτη Βούλγαρη. Σημαντική ήταν και η συμβολή του στο εμπόριο με την παραχώρηση δανείων στους νησιώτες για την αγορά πλοίων και την κατασκευή ναυπηγείων στον Πόρο και το Ναύπλιο. Τον Οκτώβριο του 1829 ίδρυσε το πρώτο αρχαιολογικό μουσείο στην Αίγινα.
Όσον αφορά στην ελληνική οικονομία, ο Καποδίστριας επέδειξε ιδιαίτερο ενδιαφέρον για τη γεωργία, βασική πηγή πλούτου της Ελλάδας. Ίδρυσε τη Γεωργική Σχολή της Τίρυνθας (διευθυντής της οποίας ανέλαβε ο Θανάσης Βάγιας) κι ενθάρρυνε την καλλιέργεια της πατάτας, για την οποία είχαν ήδη γίνει κάποιες ενέργειες τα προηγούμενα χρόνια. Ωστόσο η ανέκδοτη ιστορία σχετικά με το τέχνασμα του Καποδίστρια έχει άλλη προέλευση: λέγεται ότι το τέχνασμα αυτό το εφάρμοσε στη χώρα του ο Φρειδερίκος Β΄ της Πρωσίας το 1774.
Επίσης, προσπαθώντας να ενισχύσει την ελληνική οικονομία, ο Καποδίστριας ίδρυσε την Εθνική Χρηματιστική Τράπεζα, η οποία όμως απέτυχε είτε γιατί, κατά μία άποψη, το δημόσιο εκμεταλλευόταν χωρίς όρους τα χρήματα των καταθέσεων, είτε εξαιτίας της αντίθεσης των προυχόντων προς το καποδιστριακό καθεστώς και της έλλειψης εμπιστοσύνης προς το νέο αυτό θεσμό.
Αν και δημιούργησε ελληνικό και γαλλικό τυπογραφείο στην Αίγινα, πραγματοποίησε διώξεις εναντίον του Τύπου. Με πρωτοβουλία του τροποποιήθηκε το άρθρο περί ελευθεροτυπίας καθιστώντας πρακτικά παράνομη τη δημοσίευση και κυκλοφορία αντιπολιτευόμενων εφημερίδων. Σφοδρή κριτική υπήρξε και για την τοποθέτηση των 2 αδελφών του, Βιάρου και Αυγουστίνου, στις 2 κορυφαίες θέσεις του αρχιναυάρχου και αρχιστράτηγου αντίστοιχα. Κατά γενική ομολογία, και οι 2 θεωρούνταν ακατάλληλοι για τις θέσεις αυτές, ενώ κάποιοι ιστορικοί φτάνουν στο σημείο να θεωρούν ότι έπαιξαν καθοριστικό ρόλο στην πτώση του κυβερνήτη.
Εξωτερική πολιτική
Ερχόμενος στην Ελλάδα, ο Καποδίστριας δεν ήταν καθόλου ευχαριστημένος με το πρωτόκολλο της 18ης Νοεμβρίου 1828, που έθετε το Μοριά και τις Κυκλάδες υπό την προσωρινή εγγύηση των Συμμάχων. Με το φόβο ότι οι Άγγλοι θα περιόριζαν την Ελλάδα σε αυτά τα σύνορα, οργάνωσε τακτικό στρατό συνεχίζοντας τον πόλεμο με την Οθωμανική Αυτοκρατορία στη Στερεά Ελλάδα με στρατηγούς τον αδερφό του Αυγουστίνο Καποδίστρια, το Ρίτσαρντ Τσωρτς και το Δημήτριο Υψηλάντη. Στις εκκλήσεις του ναύαρχου Μάλκολμ και του νέου πρέσβη Ντόκινς να αποσύρει τις ελληνικές δυνάμεις στη Πελοπόννησο, αρνήθηκε να υπακούσει. Το Σεπτέμβριο του 1828, στο συνέδριο του Πόρου, οι πρέσβεις των 3 δυνάμεων συμφώνησαν αρχικά να περιληφθούν και η Κρήτη και η Σάμος στο νέο ελληνικό κράτος, κάτι που τελικώς δεν έγινε λόγω αντίστασης της αγγλικής κυβέρνησης. Ο Καποδίστριας είχε στηρίξει επίσης τις 2 ανεπιτυχείς εκστρατείες ελληνικού στρατού και φιλελλήνων σε Χίο και Κρήτη, οι οποίες όμως δεν έφεραν το επιθυμητό αποτέλεσμα.
Με τη νικηφόρα Μάχη της Πέτρας το Σεπτέμβριο του 1829, τερματίστηκαν τα πολεμικά γεγονότα της επανάστασης κι εξασφαλίστηκε η ελληνική κυριαρχία στη Στερεά Ελλάδα, ενώ με τη γαλλική συνδρομή η Πελοπόννησος εκκαθαρίστηκε απ’ τα στρατεύματα του Ιμπραήμ. Το πρωτόκολλο του Λονδίνου (1829) αναγνωρίζει ως σύνορα της Ελλάδας τη γραμμή Παγασητικού–Αμβρακικού, αλλά όχι ελληνική ανεξαρτησία, αντίθετα αυτονομία με καταβολή φόρου υποτελείας στο Σουλτάνο.
Όσον αφορά στην επιλογή του ηγεμόνα, ο Καποδίστριας πρότεινε το Λεοπόλδο του Σαξ-Κόμπουργκ (Saxe-Coburg), ο οποίος όμως παραιτήθηκε από τη διεκδίκηση του θρόνου λόγω διαφωνιών για τα σύνορα. Αρκετοί ιστορικοί θεωρούν ότι ο Καποδίστριας επίτηδες απομάκρυνε το Λεοπόλδο από το θρόνο, ενώ άλλοι υποστηρίζουν ότι δεν αντιτάχθηκε στον ερχομό του. Γεγονός όμως είναι ότι όσοι ζητούσαν να έλθει ο Λεοπόλδος αντιμετώπισαν έντονη κυβερνητική δυσμένεια. Παράλληλα οι ελληνικές επιχειρήσεις στη Στερεά Ελλάδα συνεχίζονταν, καθώς και η προέλαση των Ρώσων προς τη Κωνσταντινούπολη [Ρωσοτουρκικός Πόλεμος (1828-1829)].
Ανήσυχη από τις επιτυχίες της Ελλάδας και της Ρωσίας η Μεγάλη Βρετανία έσπευσε να συμφωνήσει στη συνοριακή γραμμή Άρτας-Βόλου και το σημαντικότερο στην ανεξαρτησία. Μετά από διαπραγματεύσεις υπογράφηκε το πρωτόκολλο του Λονδίνου, με το οποίο αναγνωριζόταν η ανεξαρτησία της Ελλάδας, η οποία θα εκτεινόταν νότια της συνοριακής γραμμής που όριζαν οι ποταμοί Αχελώος και Σπερχειός, αφήνοντας εκτός την Αιτωλία και την Ακαρνανία. Ο Καποδίστριας συμφωνεί με την ανεξαρτησία, αλλά αντιδρά στα ζητήματα της εκκένωσης περιοχών απ’ τον ελληνικό στρατό και στο ζήτημα του ξένου κληρονομικού μονάρχη. Το Σεπτέμβριο του 1831 (13 μέρες πριν τη δολοφονία του), με το νέο Πρωτόκολλο του Λονδίνου, αλλάζει οριστικά προς το συμφέρον της Ελλάδας η συνοριακή γραμμή.
Κατά τη διάρκεια της διακυβέρνησης του, ο Καποδίστριας λόγω της ισχνής οικονομικής κατάστασης του κράτους επιχείρησε να συνάψει δάνειο με τράπεζες του εξωτερικού, προσπάθεια που δεν ευοδώθηκε λόγω των αντιδράσεων της Μεγάλης Βρετανίας.
Ως κυβερνήτης ο Καποδίστριας αρνήθηκε να δεχθεί μισθό, όπως επίσης αρνήθηκε χρηματική αποζημίωση από τον Τσάρο για να μην κατηγορηθεί από τους αντιπάλους του για μεροληψία απέναντι στη Ρωσία, ενώ διέθεσε όλη του την περιουσία για τους σκοπούς του κράτους.
Αντιπολίτευση
Πέραν των πιεστικότατων οικονομικών, κοινωνικών και διπλωματικών προβλημάτων, ο Καποδίστριας είχε να αντιμετωπίσει 2 σημαντικά εμπόδια στην πολιτική του για την οικοδόμηση του νεοπαγούς ελλαδικού κράτους: πρώτον, την εχθρότητα της Γαλλίας (μετά το 1830) και της Αγγλίας, τα γεωστρατηγικά συμφέροντα των οποίων στην Ανατολική Μεσόγειο κινδύνευαν από την προοπτική δημιουργίας ενός νέου και δυναμικού ναυτικού κι εμπορικού κράτους έξω από τον έλεγχό τους ή, χειρότερα, υπό την επιρροή της Ρωσίαςˑ και δεύτερον, τους φατριασμούς και τα τοπικιστικά, οικονομικά και πολιτικά συμφέροντα των κοτζαμπάσηδων, Φαναριωτών και πλοιοκτητών, οι οποίοι κι επεδίωκαν διατήρηση των προνομίων και συμμετοχή στη νομή της εξουσίας. Εν τέλει ο συνδυασμός των παραπάνω παραγόντων προετοίμασε το έδαφος και οδήγησε στην πολιτική και φυσική εξόντωση του πρώτου Κυβερνήτη της Ελλάδας στις 27 Σεπτεμβρίου 1831.
Προκειμένου να διαχειρισθεί αποτελεσματικά την τραγική οικονομική και κοινωνική κατάσταση του νέου κράτους, ο Καποδίστριας προέκρινε ένα συγκεντρωτικό μοντέλο εξουσίας, ώστε να διατηρήσει άμεσα τον πολιτικό έλεγχο. Την αντιπολίτευση κατά του Καποδίστρια απάρτιζαν οι παραμερισμένοι από την εξουσία κοτζαμπάσηδες και πλοιοκτήτες. Ο συγκεντρωτισμός που επέδειξε ο Καποδίστριας παραμερίζοντας τις τοπικές αρχές και διορίζοντας σε θέσεις κλειδιά τα 2 αδέλφια του, Αυγουστίνο και Βιάρο Καποδίστρια, τον οδήγησαν σε σύγκρουση με τις προαναφερθείσες ομάδες συμφερόντων. Οι πολιτικοί του αντίπαλοι τον κατηγορούσαν για δεσποτισμό, καθώς δεν δεχόταν να παρουσιάσει συνταγματικό χάρτη, ενώ καθυστερούσε τη διενέργεια εθνοσυνέλευσης. Ο ίδιος, απαντώντας στις αιτιάσεις, μίλησε για άλλες προτεραιότητες, όπως η ίδρυση σχολείων (αλληλοδιδακτικά, τεχνικές σχολές) και διανομή καλλιεργήσιμων γαιών στους φτωχούς ακτήμονες. Με τον τρόπο αυτό (παιδεία κι εξασφάλιση πόρων), πίστευε πως οι Έλληνες θα απαλλάσσονταν από τη δουλεία της εκμετάλλευσης των λίγων και θα καθίσταντο έτοιμοι να απολαύσουν πλήρη, πολιτικά δικαιώματα. Κέντρο του αντικαποδιστριακού αγώνα έγινε η Ύδρα, έδρα των πλοιοκτητών και πιο συγκεκριμένα της οικογένειας Κουντουριώτη που είχε με το μέρος της τους αγωνιστές Μιαούλη, Σαχτούρη, Τομπάζη, Κριεζήδες. Βασικός λόγος για την αντίδραση των Υδραίων πλοιοκτητών ήταν η απαίτησή τους για την «άνευ αναβολής» καταβολή αποζημιώσεων για τις μεγάλες ζημιές και απώλειες των πλοίων τους κατά τη διάρκεια της Επανάστασης. Αναγνωρίζοντας αμέσως το δίκαιο αίτημα, ο Καποδίστριας υποσχέθηκε ότι μόλις θα βελτιώνονταν τα οικονομικά της χώρας, η Ύδρα θα έπαιρνε «το μερίδιόν της καθ’ όσον το δίκαιον απαιτούσε». Οι Υδραίοι, όμως, απαιτούσαν την άμεση καταβολή αυτών των αποζημιώσεων, πράγμα που ήταν αδύνατον λόγω της οικτρής οικονομικής κατάστασης του κράτους. Στην Ύδρα, επιπλέον, κατέφυγαν ο ηγέτης του Αγγλικού κόμματος, Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος, και οι Σπυρίδων Τρικούπης, Αναστάσιος Πολυζωίδης και Αλέξανδρος Σούτσος, έχοντας την ηθική συμπαράσταση του φιλογάλλου Κοραή. Όργανο της αντιπολιτευτικής αυτής ομάδας ήταν η εφημερίδα Απόλλων του Πολυζωίδη. Η Γαλλία και η Αγγλία, θεωρώντας, τον Καποδίστρια ως φίλα προσκείμενο στη Ρωσία, ενθάρρυναν τους αντιπολιτευόμενους.
Πυρπόληση του ναυστάθμου
Την 14η Ιουλίου 1831, οι Μιαούλης και Κριεζής με 200 Υδραίους στρατιώτες κατέλαβαν το ναύσταθμο στον Πόρο επειδή έμαθαν ότι ο στόλος ήταν έτοιμος να κινηθεί κατά της Ύδρας. Αμέσως έσπευσαν οι αντιπρέσβεις των 3 Μεγάλων Δυνάμεων προκειμένου να διαπραγματευθούν. Οι Άγγλοι και οι Γάλλοι, αιφνιδιάζοντας τους εξεγερμένους, τάχθηκαν υπέρ της νόμιμης κυβέρνησης και απαίτησαν την παράδοση των επαναστατών. Έτσι, ο αγγλικός, ο γαλλικός και ο ρωσικός στόλος είχαν αποκλείσει τα λιμάνια του Πόρου και της Ύδρας ώστε να μην επιτραπεί η ένωση των στόλων των επαναστατών. Ο ελλιμενισμένος εθνικός στόλος στον Πόρο ήταν υπό την αρχηγία πλέον του Μιαούλη, ενώ μια μικρή μοίρα, υπό την αρχηγία του Κωνσταντίνου Κανάρη, δε δέχθηκε να υπακούσει στους επαναστάτες. Και ενώ ο Άγγλος και ο Γάλλος ναύαρχος, κωλυσιεργώντας, έπλευσαν προς το Ναύπλιο για να συσκεφθούν με τους αντιπρέσβεις, ο Ρώσος ναύαρχος Ρίκορντ ανέλαβε να εφαρμόσει, μόνος αυτός, τις οδηγίες του Καποδίστρια. Απέκλεισε τους αντάρτες, ήρθε σε προστριβές μαζί τους, τίναξε στον αέρα τη «Νήσο των Σπετσών», αιχμαλώτισε ένα ακόμη πλοίο και τελικά εξώθησε τον Μιαούλη στο «μεγαλουργόν έγκλημα». Το πρωί της 1ης Αυγούστου 1831 ο Μιαούλης, όπως είχε προειδοποιήσει τον Ρίκορντ, ανατίναξε 2 από τα πιο σύγχρονα τότε πλοία του ελληνικού ναυτικού, τη φρεγάτα «Ελλάς» και την κορβέτα «Ύδρα». Ο Δ. Χοϊδάς, σε επιστολή του προς τον Αυγουστίνο Καποδίστρια, από την Τρίπολη, στις 10 Αυγούστου 1831, ανάμεσα σε πολλές άλλες σημαντικές πληροφορίες για την τραγική κατάσταση που επικρατούσε σε όλη τη χώρα, έγραφε πως οι Υδραίοι έλεγαν ότι «την φρεγάδαν (Ελλάς) την έκαυσαν δι’ αδείας του πρέσβεως της Αγγλίας, όστις τους υπεσχέθη ότι τους δίδει άλλην» και η αστυνομία του Ναυπλίου είχε πληροφορίες «ότι οι δύο πρέσβεις (Αγγλίας και Γαλλίας) έλαβαν μέρος με τους Υδραίους και ότι έγραψαν εις τον Ρίκορδ να παύσει από τας κατ’ αυτών εχθροπραξίας του έως ότου να έλθει ο παρά των τριών δυνάμεων αποστελλόμενος πληρεξούσιος, όστις είναι ο ναύαρχος Άγγλος, της μοίρας του Αιγαίου πελάγους …». Και πρόσθετε ότι στην Ύδρα είχαν καταφθάσει «δύο πλοία γαλλικόν και αγγλικόν … και οι δύο ναύαρχοι (ο Άγγλος και ο Γάλλος) με τρόπον προσφέρουσι βοηθήματα εις την Ύδραν και τους λέγουσι να επιμένουν εις τον σκοπόν των και να μη φοβώνται διόλου, διότι επιτυγχάνουσι το ποθούμενον …».
Ο ίδιος ο Καποδίστριας είχε γνώση για τους σχεδιασμούς των συγκεκριμένων ξένων δυνάμεων εναντίον του. Στις 31 Ιουλίου 1831, σε επιστολή του προς το Γάλλο ναύαρχο Lalande, που υπηρετούσε στην Ελλάδα, του αποκάλυψε ότι γνώριζε όλες τις δολοπλοκίες των Άγγλων και των Γάλλων: «Εγώ δε, και τις δολοπλοκίες όλων σας τις εγνώριζα, αλλά έκρινα ότι δεν έπρεπε με κανένα τρόπο να κόψω το νήμα της συνεργασίας μαζί σας, γιατί έδινα προτεραιότητα στην ανόρθωση και στην ανασυγκρότηση της Ελλάδος. Αν έκοβα τις σχέσεις με τις λεγόμενες «προστάτιδες» Δυνάμεις, τούτο θα ήταν εις βάρος της Ελλάδος και δεν ήθελα με κανένα τρόπο να προσθέσω βάρος και στη συνείδησή μου. Και άφησα τα πράγματα να λαλήσουν μόνα τους …». Στις 14 Σεπτεμβρίου 1831, έστειλε στον Έλληνα πρέσβη στο Παρίσι, πρίγκηπα Α. Σούτσο, επιστολή με την οποία διαμαρτύρεται με αγανάκτηση και του ζητά να προβεί σε σχετικά διαβήματα στη γαλλική κυβέρνηση, για την πρωτοφανή και ανεπίτρεπτη ανάμιξη των Γάλλων και των Άγγλων αξιωματικών στις φοβερές αντικυβερνητικές ενέργειες της Ύδρας και της Μάνης και για την απροκάλυπτη σύμπραξη και τη βοήθειά τους προς τους ταραχοποιούς.
Δολοφονία
Ήδη από το προηγούμενο έτος, το 1830, είχε ξεσπάσει ανταρσία στη Μάνη υπό την ηγεσία του Τζανή Μαυρομιχάλη, αδελφού του Πετρόμπεη. Ο τελευταίος ετέθη σε περιορισμό στο Ναύπλιο, ζήτησε να πάει στη Μάνη για να την ησυχάσει, το αίτημά του δεν έγινε δεκτό, αποπειράθηκε να διαφύγει με αγγλικό πλοίο, συνελήφθη και φυλακίστηκε. Βαρέως φέροντες τη μεταχείριση αυτή του αρχηγού της οικογενείας τους και μέσα στο τεταμένο και από τα γεγονότα του Πόρου κλίμα, οι Κωνσταντίνος και Γεώργιος Μαυρομιχάλης, αδελφός και γιος του Πετρόμπεη αντίστοιχα, εφάρμοσαν το μανιάτικο έθιμο της βεντέτας. Το πρωί της 27ης Σεπτεμβρίου 1831, έξω από την εκκλησία του Αγίου Σπυρίδωνος, πυροβόλησαν και μαχαίρωσαν θανάσιμα τον κυβερνήτη Ιωάννη Καποδίστρια, καθώς πήγαινε να παρακολουθήσει την κυριακάτικη θεία λειτουργία. Τον Καποδίστρια συνόδευε ο Κρητικός μονόχειρας σωματοφύλακας του Γεώργιος Κοζώνης, ο οποίος πυροβόλησε τον Κωνσταντίνο Μαυρομιχάλη. Τον τελευταίο τον αποτελείωσε ο όχλος, το δε πτώμα του πετάχτηκε στο λιμάνι. Ο ετοιμοθάνατος κυβερνήτης μεταφέρθηκε από τον κόσμο σε παρακείμενο φαρμακείο, όπου εξέπνευσε. Προηγουμένως όμως, εξετάσθηκε επί τόπου από το γιατρό και προσωπικό φίλο του θανόντα Σπύρο Καρβελά, που συνέταξε τη σχετική έκθεση η οποία περιέχεται σε ιστορικό ντοκουμέντο. Σύμφωνα με αυτήν, ο θάνατος του Κυβερνήτη προήλθε από τραύματα στην ινιακή χώρα και στη δεξιά κοιλιακή χώρα. Ο Γεώργιος Μαυρομιχάλης κατέφυγε στη γαλλική πρεσβεία, από όπου και παραδόθηκε στις αρχές για να δικαστεί, ύστερα από την επιμονή του πλήθους που είχε συγκεντρωθεί και απειλούσε να κάψει την πρεσβεία. Τελικώς καταδικάστηκε σε θάνατο και τουφεκίστηκε λίγες μέρες αργότερα. Ο τραγικός θάνατος του Καποδίστρια βύθισε σε θλίψη τον γεωργικό πληθυσμό, ενώ αντίθετα στην Ύδρα δέχτηκαν την είδηση με πανηγυρισμούς.
Έχει υποστηριχθεί ότι καταλυτικό ρόλο στη δολοφονία του διαδραμάτισαν οι ξένες δυνάμεις. Στονσχεδιασμό της συνωμοσίας φαίνεται πως πρωτοστάτησε ο Γάλλος στρατηγός Gerard, διοικητής τότε του τακτικού στρατού που επιχείρησε να οργανώσει ο ίδιος ο Καποδίστριας. 2 ολόκληρους μήνες πριν από τη δολοφονία, οι αξιωματικοί του γαλλικού εκστρατευτικού σώματος στην Πελοπόννησο, στις μεταξύ τους συζητήσεις, δεν αμφέβαλλαν καθόλου ότι πλησίαζε η ημέρα της δολοφονίας ή απλώς της ανατροπής του Κυβερνήτη. Κατά τον Β. Κρεμμυδά, που μελέτησε το αρχειακό υλικό της υπόθεσης, κύριο ρόλο έπαιξε η Γαλλία, ενώ ελάχιστες είναι οι ενδείξεις ότι αναμίχθηκε η Βρετανία. Η τελευταία ενδεχομένως γνώριζε τη συνωμοσία αλλά δεν παρενέβη να την εμποδίσει. Κατά τον Κρεμμυδά, δεν υπάρχουν ισχυρές ενδείξεις για ανάμιξη της Ύδρας στη συνωμοσία.
Από τους δολοφόνους, ο Κωνσταντίνος Μαυρομιχάλης λίγο πριν πεθάνει από την πιστολιά του φρουρού του Καποδίστρια, ζητώντας έλεος είπε στους αστυνομικούς: «Δεν φταίω εγώ, στρατιώται άλλοι με έβαλαν». Ο σύγχρονος με τα γεγονότα, ιστορικός και αγωνιστής Νικόλαος Κασομούλης, αναφέρει ότι ο έτερος εκτελεστής του Κυβερνήτη, Γεώργιος Μαυρομιχάλης, κατέφυγε στο σπίτι του πρέσβη της Γαλλίας βαρώνου Ρουάν, δηλώνοντάς του: «Σκοτώσαμε τον τύραννο. Μπιστευόμαστε την τιμή της Γαλλίας. Να τα άρματά μας».
Ο Γάλλος πρέσβης παρέσχε άσυλο στο Γεώργιο Μαυρομιχάλη και αρνήθηκε να τον παραδώσει, ζητώντας ένταλμα σύλληψης. Πάντως, υπό την απειλή του εξεγερμένου λαού που είχε περικυκλώσει την πρεσβεία, ο Ρουάν αναγκάστηκε να παραδώσει το Γεώργιο Μαυρομιχάλη στις αρχές. Αξιοσημείωτη είναι, επίσης, η στάση του πρέσβη της Αγγλίας, ο οποίος, αμέσως μετά τη δολοφονία του Καποδίστρια, ζήτησε να ληφθούν αυστηρά μέτρα κατά του εξεγερμένου λαού, ακόμη και καταστολή με τη χρήση όπλων, απειλώντας την 3μελή προσωρινή Διοικητική Επιτροπή (που απαρτιζόταν από τους Αυγουστίνο Καποδίστρια, Θεόδωρο Κολοκοτρώνη και Ιωάννη Κωλέττη) ακόμη και με αποχώρηση και διακοπή των διπλωματικών σχέσεων. Αρκετά αργότερα, το 1840, ο ίδιος ο Πετρόμπεης Μαυρομιχάλης, ακούγοντας κάποιον να κατηγορεί τον Καποδίστρια, φέρεται να είπε τούτα τα λόγια: «Δεν μετράς καλά φιλόσοφε…Ανάθεμα στους Αγγλογάλλους που ήσαν η αιτία κι εγώ έχασα τους δικούς μου, και το Έθνος έναν άνθρωπο που δε θα τονε ματαβρεί, και το αίμα του με παιδεύει ως τώρα …». Για τη δολοφονία του Καποδίστρια, ο Ελβετός φιλέλληνας, φίλος του Καποδίστρια κι ευεργέτης της Επανάστασης, Ι.Γ. Εϋνάρδος είπε: «Όστις δολοφόνησε τον Καποδίστρια, δολοφόνησε την πατρίδα του. Ο θάνατός του είναι συμφορά για την Ελλάδα και δυστύχημα ευρωπαϊκόν».
Μετά από τη δολοφονία του Ιωάννη Καποδίστρια τη θέση του κυβερνήτη ανέλαβε ο αδελφός του Αυγουστίνος Καποδίστριας, ως πρόεδρος της προαναφερθείσας Διοικητικής Επιτροπής που διόρισε η Γερουσία, όμως παραιτήθηκε στις 28 Μαρτίου 1832. Τη σορό του Καποδίστρια τη μετέφερε ο αδελφός του στην Κέρκυρα, όπου κι ενταφιάστηκε στη Μονή Πλατυτέρας.
Σχέση με τη Ρωξάνδρα Στούρτζα
Η Ρωξάνδρα Στούρτζα (1786-1844) ήταν Κυρία επί των Τιμών της Αυτοκράτειρας Ελισάβετ στην τσαρική αυλή και αδελφή του Αλέξανδρου Στούρτζα, διπλωμάτη και στενού συνεργάτη του Καποδίστρια. Ο Καποδίστριας συνδέθηκε με αυτήν ερωτικά και μάλιστα -σύμφωνα με κάποιους ιστορικούς- της έκανε πρόταση γάμου το 1814, που όμως η Ρωξάνδρα απέρριψε με την αιτιολογία ότι η μητέρα της τον προόριζε για την αδελφή της Ελένη. Η Ρωξάνδρα ήταν φιλέλλην και δραστήριο μέλος της Φιλομούσου Εταιρείας Βιέννης, που ίδρυσε ο Καποδίστριας. Η μεταξύ τους αλληλογραφία συνεχίστηκε μέχρι και τη δολοφονία του. Το τελευταίο γράμμα της προς τον Ιωάννη Καποδίστρια έφτασε στο Ναύπλιο, αφού αυτός είχε πεθάνει. Όταν εκείνη πληροφορήθηκε τη δολοφονία του, υπέστη νευρικό κλονισμό.
Κριτική και τιμές
Σχετικά με την προσωπικότητα του Καποδίστρια έχουν εκφραστεί από τους ιστορικούς αντικρουόμενες απόψεις. Από τους παλαιότερους, ο κόμης Γκομπινώ τον συγκαταλέγει στους 3 μεγαλύτερους διπλωμάτες της εποχής μαζί με το Μέτερνιχ και τον Ταλλεϋράνδο και ο Χέρτσμπεργκ αναφέρει ότι ήταν διπλωμάτης δεξιώτατος, ο Γιάννης Κορδάτος τον χαρακτηρίζει τυφλό όργανο των Ρώσων, ενώ ο Καρλ Μαρξ τον χαρακτηρίζει πολιτικά ανυπόληπτο. Ο Σπυρίδων Τρικούπης, στενός συνεργάτης του Καποδίστρια, εκφράζεται μεν θετικά, δεν παραλείπει όμως να τον κατηγορήσει για την κατάλυση του Συντάγματος.
Από τους νεότερους ιστορικούς, ο Τάσος Βουρνάς εκφράζεται θετικά ως προς το έργο του Καποδίστρια, όπως και οι Παύλος Καρολίδης και Διονύσιος Κόκκινος. Με την άποψη ότι ο Καποδίστριας ήταν απλά όργανο των Ρώσων διαφωνεί και ο Ντάγκλας Ντέικιν. Ο Σπυρίδων Μαρκεζίνης χαρακτηρίζει το έργο του αξιόλογο αλλά όχι αξιέπαινο. Σε γενικές γραμμές οι περισσότεροι ιστορικοί θεωρούν σημαντικό το έργο του Καποδίστρια, χωρίς να παραλείπουν να αναφέρουν όμως την αυταρχικότητα με την οποία άσκησε την εξουσία. Η φιλοπατρία του αναγνωρίζεται από σχεδόν όλους τους ιστορικούς. Σχετικά με τη φιλοπατρία του, ο Τάκης Σταματόπουλος συμπεραίνει πώς «για να είμαστε δίκαιοι δεν μπορούμε να αρνηθούμε την αγαθή πρόθεσή του, την καταπληκτική και φιλότιμη εργατικότητά του να δημιουργήσει κράτος από το χάος». Σύμφωνα με τη μαρξιστική ανάλυση του Γιάννη Μηλιού, η διακυβέρνηση από τον Καποδίστρια ήταν το αποτέλεσμα μιας «καταστροφικής ισορροπίας» μεταξύ των πολιτικών δυνάμεων που γέννησε την αναγκαιότητα του βοναπαρτισμού. Κατά τον ίδιο, «δεν επρόκειτο ούτε για το αποτέλεσμα του συμβιβασμού της αστικής τάξης με τους (ανύπαρκτους άλλωστε) φεουδάρχες, ούτε για τη «βούληση» των Μεγάλων Δυνάμεων, αλλά για την κρίση και το κενό ηγεμονίας, το οποίο καλύφθηκε φυσικά με «έκτακτο» τρόπο. Ο ιστορικός Βασίλης Κρεμμυδάς αναφέρει πως καλλιεργήθηκε ένας μύθος από τους απολογητές της διακυβέρνησής του για να αιτιολογήσουν την αυταρχικότητά του ότι δήθεν ήθελε να καταργήσει τις οπισθοδρομικές τοπικές εξουσίες υπέρ μιας κεντρικής, εθνικής εξουσίας. Ισχυρίζεται πως ήταν εκ πεποιθήσεως θιασώτης της πεφωτισμένης δεσποτείας και ανέλαβε την εξουσία μόνο όταν είχε εξασφαλίσει την επιβολή μιας τέτοιας μορφής διακυβέρνησης, «στη λογική του, τα περί φιλελεύθερων και δημοκρατικών Συνταγμάτων και πολιτευμάτων, εκλεγμένης Βουλής κλπ. δε χωρούσαν». Συνεχίζει πως φόβος διακατείχε τον Κυβερνήτη απέναντι σε όλους πάνω κάτω τους πρωταγωνιστές της απελευθέρωσης ακόμη και το Θεόδωρο Κολοκοτρώνη. Εντάσσει τη δολοφονία του στο πλαίσιο μιας παρατεταμένης αναντιστοιχίας των νέων, με τα καλά και τα κακά τους, κοινωνικών σχέσεων μετά το 1821 με την αυταρχική πολιτική εξουσία στο πλαίσιο της πεφωτισμένης δεσποτείας.
Είχε τιμηθεί πλείστες φορές από τον Τσάρο Αλέξανδρο και είχε ανακηρυχθεί επίτιμος δημότης του καντονιού Βω με πρωτεύουσα τη Λωζάνη. Σήμερα πολλοί δρόμοι και πλατείες φέρουν το όνομά του. Ο Κρατικός Αερολιμένας Κερκύρας ονομάζεται «Ιωάννης Καποδίστριας», ενώ από το 1911, κατόπιν επιθυμίας του ευεργέτη Ιωάννη Δόμπολη, το Εθνικό Πανεπιστήμιο Αθηνών μετονομάστηκε σε «Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών» και στα Προπύλαια μάλιστα υπάρχει ανδριάντας του. Επίσης, η μορφή του Καποδίστρια απεικονίζεται στο κέρμα των 20 λεπτών (υπομονάδα του ευρώ) της ελληνικής έκδοσης, όπως και στο χαρτονόμισμα των 500 δραχμών (1983-2001). «Ιωάννης Καποδίστριας» (ή Σχέδιο Καποδίστρια) ονομάστηκε και το πρόγραμμα σχετικά με τις μεταρρυθμίσεις στην τοπική αυτοδιοίκηση που ξεκίνησε με πρωτοβουλία της κυβέρνησης Σημίτη. Στις 21 Σεπτεμβρίου 2009 πραγματοποιήθηκαν τα αποκαλυπτήρια προτομής του Καποδίστρια στη Λωζάννη της Ελβετίας, παρουσία της Ελβετίδας υπουργού Εξωτερικών Μισελίν Καλμί-Ρέι και του Ρώσου ομολόγου της Σεργκέι Λαβρόφ. Ανδριάντας υπάρχει επίσης στην κεντρική πλατεία της πόλης Κάπο ντ’ Ίστρια (σημερινό Κόπερ) της Σλοβενίας. Πιθανολογείται ότι ήταν τέκτονας.
Στο εξοχικό της οικογένειας Καποδίστρια, το οποίο δωρήθηκε από τη δισέγγονη του Γεωργίου Καποδίστρια, αδελφού του κυβερνήτη, Μαρία Δεσύλλα-Καποδίστρια, στη θέση Κουκουρίτσα της Κέρκυρας, λειτουργεί το Μουσείο Καποδίστρια, όπου φυλάσσονται κειμήλια της οικογένειας και προσωπικά του αντικείμενα. Στο Εθνικό Ιστορικό Μουσείο, στην Αθήνα, φιλοξενούνται επίσης προσωπικά αντικείμενα του Κυβερνήτη, καθώς και το γραφείο του.
Επιπλέον, την 24η Φεβρουαρίου 2007, στην Κέρκυρα, οι Δήμοι Κερκυραίων, Αίγινας, Ναυπλίου (Ελλάδα), Αμμόχωστου (Κύπρος) και Koper-Capodistria (Σλοβενία) αποφάσισαν και συνέστησαν το Δίκτυο Πόλεων «Ιωάννης Καποδίστριας». Το παραπάνω δίκτυο συγκροτήθηκε από τις πόλεις ή χώρες στις οποίες έζησε και έδρασε ο Ιωάννης Καποδίστριας και στόχος του είναι η προαγωγή της προσωπικότητας και του έργου του Κυβερνήτη τόσο σε τοπικό, όσο και σε ευρωπαϊκό επίπεδο.
Σύμβολο
Στο Ναύπλιο ο μαρμάρινος ανδριάντας του Καποδίστρια, έργο του γλύπτη Μιχαήλ Τόμπρου, τοποθετήθηκε στην πλατεία που φέρει το όνομά του το 1932. Ο Καποδίστριας παριστάνεται όρθιος, με επίσημη ενδυμασία, να ακουμπά ελαφρά σε κορμό δέντρου. Στην Κέρκυρα ο ανδριάντας του Καποδίστρια, έργο του Λεωνίδα Δρόση, βρίσκεται στην Πάνω Πλατεία, διαγωνίως μπροστά από το κτίριο της Ιονίου Ακαδημίας. Τοποθετήθηκε στο σημείο αυτό, όπου παλιότερα βρισκόταν ο οβελίσκος του Ντούγκλα, στις 12 Απριλίου του 1887. Στην Αίγινα σε πάρκο στην περιοχή της Παναγίτσας, είναι τοποθετημένη η προτομή του Καποδίστρια, έργο του Ιωάννη Καρακατσάνη από το 1887.